<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Wrong .geo file, sorry!<br>
      <br>
      Am 12.03.2014 18:21, schrieb Steffen Becker:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:53209795.9080903@yahoo.de" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=windows-1252"
        http-equiv="Content-Type">
      <div class="moz-cite-prefix">Thank you so far,<br>
        <br>
        I create both files: .msh and .geo, but I still get the same
        error. What's my mistake?<br>
        <br>
        Steffen<br>
        <br>
        Am 12.03.2014 11:48, schrieb Roman Fratczak:<br>
      </div>
      <blockquote cite="mid:53203B8C.1080104@o2.pl" type="cite">
        <meta content="text/html; charset=windows-1252"
          http-equiv="Content-Type">
        <div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
          <br>
          FYI - you can remove double vertices/edges (or repair) in mesh
          in FreeCad (for exampe).<br>
          <br>
          regards<br>
          Roman<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          W dniu 12.03.2014 10:17, Steffen Becker pisze:<br>
        </div>
        <blockquote cite="mid:5320263B.2090107@yahoo.de" type="cite">
          <meta content="text/html; charset=windows-1252"
            http-equiv="Content-Type">
          <div class="moz-cite-prefix">Hi Matthias & Roman,<br>
            <br>
            I create a nodes- and elements-list like this:<br>
            # nodes:<br>
            N1 0,0,0<br>
            N2 0,1,0<br>
            N3 1,0,0<br>
            N4 0,0,1<br>
            # elements, which describe triangles:<br>
            E1 1,2,3<br>
            E2 2,3,4<br>
            <br>
            So I do have double edges (here: between node 2+3). Didn't
            now that this is a problem for gmsh, sorry.<br>
            <br>
            I will try Romans solution asap and give you a feedback.<br>
            Thank you both!<br>
            <br>
            Steffen<br>
            <br>
            <br>
            Am 12.03.2014 09:59, schrieb Zenker, Dr. Matthias:<br>
          </div>
          <blockquote
cite="mid:F9562F3B302F29479A203FC5AF9E3E052F7E3A@SERBE4I1.intra.erbe-med.de"
            type="cite">
            <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
              charset=windows-1252">
            <meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered
              medium)">
            <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert Zchn";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Sprechblasentext Zchn";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.HTMLVorformatiertZchn
        {mso-style-name:"HTML Vorformatiert Zchn";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert";
        font-family:"Consolas","serif";
        color:black;}
span.moz-smiley-s3
        {mso-style-name:moz-smiley-s3;}
span.SprechblasentextZchn
        {mso-style-name:"Sprechblasentext Zchn";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:Sprechblasentext;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.E-MailFormatvorlage22
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 2.0cm 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
            <div class="WordSection1">
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi



                  Steffen,<o:p></o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US">I am not totally sure from what you wrote
                  that there are really no duplicated nodes. In gmsh,
                  you need to define the surfaces in a way that
                  neighbouring surfaces/facets with a common border use
                  the _<i>same</i>_ nodes to define the border. I could
                  not see from your file if there are duplicated nodes,
                  and would propose that you make sure that there are
                  really no such duplications.<o:p></o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US">If the meshing still fails, then this is
                  a question for the real gurus (Christophe?).<o:p></o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US">HTH,<o:p></o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US">Matthias<o:p></o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span
style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"
                  lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
              <p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
              <div style="border:none;border-left:solid blue
                1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt">
                <div>
                  <div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
                    1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
                    <p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext"
                          lang="EN-US">Von:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext"
                        lang="EN-US"> Roman Fratczak [<a
                          moz-do-not-send="true"
                          class="moz-txt-link-freetext"
                          href="mailto:fratczakroman@o2.pl">mailto:fratczakroman@o2.pl</a>]
                        <br>
                      </span><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">Gesendet:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
                        Mittwoch, 12. März 2014 09:51<br>
                        <b>An:</b> Steffen Becker<br>
                        <b>Cc:</b> <a moz-do-not-send="true"
                          class="moz-txt-link-abbreviated"
                          href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><br>
                        <b>Betreff:</b> Re: [Gmsh] Error : Self
                        intersecting surface mesh, computing
                        intersections (this could take a while)<o:p></o:p></span></p>
                  </div>
                </div>
                <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
                <div>
                  <p class="MsoNormal">Hi Steffen,<br>
                    <br>
                    No it is more clear. If you are working with cloud
                    of point, then you may use Meshlab for surface
                    regeneration. There are many software that are able
                    to handle in a resonable way the cloud of points
                    (like rhino3D + resurf, other). But these are rather
                    commercial.<br>
                    <br>
                    From the other side - try to do the simplest thing:<br>
                    <br>
                    Adjust your python script for surface creation in
                    order to save not as PLY but as GMSH "geo" file
                    using points and lines<br>
                    <br>
                    Point(1)={0,0,0} ;<br>
                    Point(2)={0,1,0} ;<br>
                    ...<br>
                    <br>
                    Line(1) = {1,2};<br>
                    ..<br>
                    and.. Line Loop & Surface -> Volume ..<br>
                    <br>
                    Then you will get a volume defined by geometric
                    entities. In this case is shoul be easier to create
                    a better mesh on surface and then on whole volume.<br>
                    <br>
                    Regards<br>
                    Roman<br>
                    <br>
                    <br>
                     <br>
                    W dniu 11.03.2014 17:59, Steffen Becker pisze:<o:p></o:p></p>
                </div>
                <blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                  <div>
                    <p class="MsoNormal">Hi,<br>
                      <br>
                      @ Roman:<br>
                      some more details:<br>
                      I have a point cloud given and generate the
                      surface mesh by myself (with python). I don't know
                      a good algorithm to create a volume mesh out of
                      this surface mesh - that's why I use gmsh for this
                      task.<br>
                      I also checked my surface mesh for double vertexes
                      but I didn't find any. What do you mean with
                      "double egdes"? Isn't there always a "double
                      edge", because two neighbour facets always have
                      one same edge?!<br>
                      <br>
                      I will send you a .step or .iges file as soon as I
                      figured out how to handle the "No OpenCASCADE
                      model found" error.<br>
                      <br>
                      I'm appending the other mailing history (with
                      Matthias) to this mail - sorry for that "double
                      mailing", I just forgot one time to "reply to all"
                      -.-<br>
                      Anyone else has an idea why the meshing fails?<br>
                      <br>
                      Regards and thank you a lot,<br>
                      Steffen<br>
                      <br>
                      <br>
                      <br>
                      <o:p></o:p></p>
                    <pre>Hi Steffen,<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>I don't see either why the meshing fails, sorry.<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>Matthias<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>-----Ursprüngliche Nachricht-----<o:p></o:p></pre>
                    <pre>Von: Steffen Becker [<a moz-do-not-send="true" href="mailto:steffenbecker87@yahoo.de">mailto:steffenbecker87@yahoo.de</a>]<o:p></o:p></pre>
                    <pre>Gesendet: Dienstag, 11. März 2014 14:42<o:p></o:p></pre>
                    <pre>An: Zenker, Dr. Matthias<o:p></o:p></pre>
                    <pre>Cc: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><o:p></o:p></pre>
                    <pre>Betreff: Re: [Gmsh] Error : Self intersecting surface mesh, computing<o:p></o:p></pre>
                    <pre>intersections (this could take a while)<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>Oh I'm really sorry, here is the file.<o:p></o:p></pre>
                    <pre>In addition I sent you also the intersect.pos. I don't understand why exactly<o:p></o:p></pre>
                    <pre>these surfaces are problematic and the "neighbour surfaces"<o:p></o:p></pre>
                    <pre>aren't - although they have the same geometry =/<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>Am 11.03.2014 12:07, schrieb Zenker, Dr. Matthias:<o:p></o:p></pre>
                    <pre>Hi Steffen,<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>if you don't provide the myfile.ply2, we cannot see your geometry...<o:p></o:p></pre>
                    <pre> You can visualize intersect.pos by merging it to your geometry.<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>HTH,<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre>Matthias<o:p></o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <pre><o:p> </o:p></pre>
                    <p class="MsoNormal">Am 11.03.2014 14:33, schrieb
                      Roman Fratczak:<o:p></o:p></p>
                  </div>
                  <blockquote
                    style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                    <div>
                      <p class="MsoNormal">Hello,<br>
                        <br>
                        It is possible, that you will get your geometry
                        in other format? <br>
                        In your "ply" there is already a surface mesh
                        given. Try maybe use STEP, IGES,...  as input-
                        then it is easer to recalculate the surface
                        mesh.<br>
                        <br>
                        In case of need of usage of "a dead mesh" -
                        maybe try first to remesh it (i.e. in blender
                        with modification Remesh) and/or clean it
                        (removing double vertexes and edges).<br>
                        <br>
                        regards<br>
                        Roman<br>
                        <br>
                        <br>
                        <br>
                        <br>
                        W dniu 11.03.2014 12:13, Steffen Becker pisze:<o:p></o:p></p>
                    </div>
                    <blockquote
                      style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                      <div>
                        <p class="MsoNormal">Hi,<br>
                          <br>
                          in the appendix you find my model.<br>
                          Thanks for  help!!<br>
                          <br>
                          Regards,<br>
                          Steffen<br>
                          <br>
                          Am 11.03.2014 11:47, schrieb Roman Fratczak:<o:p></o:p></p>
                      </div>
                      <blockquote
                        style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                        <div>
                          <p class="MsoNormal">Hello Steffen,<br>
                            <br>
                            Yes. You can try to the first Optimize
                            quality of tetra, or all of them (just try).<br>
                            <br>
                            I don't know how your model looks like. If
                            the elements on the surface are too big,
                            then the solid elements (probably
                            tetragonal) may be with intersecting edges
                            or faces. Therefore the reducing size of
                            element may help (especially on the
                            surfaces).<br>
                            <br>
                            Or- just share your model (ply) -in order to
                            be more precise.<br>
                            <br>
                            regards<br>
                            Roman<br>
                            <br>
                            <br>
                            <br>
                            W dniu 10.03.2014 18:06, Steffen Becker
                            pisze:<o:p></o:p></p>
                        </div>
                        <blockquote
                          style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                          <div>
                            <p class="MsoNormal">Hi Roman,<br>
                              when you say "enable option: optimize",
                              you mean" Tools -> Options -> Mesh
                              -> Advanced -> Optimize quality of
                              tetrahedra, Optimize quality of tetrahedra
                              with Netgen, Optimize high order meshes
                              (experimental)" ?<br>
                              And why is reducing element size
                              important? In my case it is important that
                              the object has such "90 degree corners".<br>
                              <br>
                              Regards,<br>
                              Steffen<br>
                              <br>
                              Am 10.03.2014 16:55, schrieb Roman
                              Fratczak:<o:p></o:p></p>
                          </div>
                          <blockquote
                            style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                            <div>
                              <p class="MsoNormal">Hi Steffen,<br>
                                <br>
                                If your volume is OK (is really a closed
                                one) - try to:<br>
                                <br>
                                1. Reduce element size (especially in a
                                curved shapes)<br>
                                2. Enable option "Optimize" - in mesh
                                options <br>
                                <br>
                                Regards<br>
                                Roman<br>
                                <br>
                                <br>
                                <br>
                                W dniu 10.03.2014 16:41, Steffen Becker
                                pisze:<o:p></o:p></p>
                            </div>
                            <blockquote
                              style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
                              <p class="MsoNormal">Hello everyone, <br>
                                <br>
                                I'm a gmsh beginner and I want to create
                                a 3D volume mesh out of a given
                                surface-mesh but I got the error message
                                as seen in the subject. You find my .geo
                                file in the appendix. <br>
                                Can anyone tell me what I have to do to
                                create a 3D mesh? I even can't figure
                                out where the intersection are located
                                (don't know how to read the
                                intersect.pos). <br>
                                Sorry for my poor english. <br>
                                <br>
                                Regards, <br>
                                Steffen <br>
                                <br>
                                <br>
                                <br>
                                <o:p></o:p></p>
                              <pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
                              <pre>gmsh mailing list<o:p></o:p></pre>
                              <pre><a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><o:p></o:p></pre>
                              <pre><a moz-do-not-send="true" href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><o:p></o:p></pre>
                            </blockquote>
                            <p class="MsoNormal"><br>
                              <br>
                              <br>
                              <br>
                              <o:p></o:p></p>
                            <pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
                            <pre>gmsh mailing list<o:p></o:p></pre>
                            <pre><a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><o:p></o:p></pre>
                            <pre><a moz-do-not-send="true" href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><o:p></o:p></pre>
                          </blockquote>
                          <p class="MsoNormal"><br>
                            <br>
                            <br>
                            <br>
                            <o:p></o:p></p>
                          <pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
                          <pre>gmsh mailing list<o:p></o:p></pre>
                          <pre><a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmsh@geuz.org">gmsh@geuz.org</a><o:p></o:p></pre>
                          <pre><a moz-do-not-send="true" href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><o:p></o:p></pre>
                        </blockquote>
                        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
                      </blockquote>
                      <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
                    </blockquote>
                    <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
                  </blockquote>
                  <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
                </blockquote>
                <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
              </div>
            </div>
            <br>
            <br>
_____________________________________________________________________<br>
            ERBE Elektromedizin GmbH<br>
            Firmensitz: 72072 Tuebingen<br>
            Geschaeftsfuehrer: Christian O. Erbe, Reiner Thede<br>
            Registergericht: Stuttgart HRB 380137<br>
            <br>
          </blockquote>
          <br>
        </blockquote>
        <br>
      </blockquote>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>